Действия фильма разворачиваются в нью-йоркской католической школе имени Святого Николая в шестидесятых годах прошлого века. Сестра Алоизия придерживается консервативных взглядов на религию и ее место в обществе. Отец Флинн ее полная противоположность, он уверен, что церковь не должна быть костной. Она должна меняться вместе с развивающимся обществом. Между Алоизией и Флинном на этой почве постоянно возникают конфликты. Дело доходит то того, что сестра обвиняется его в порочной связи с одним из учеников католической школы.